В Московском НИИ психиатрии проводится подготовка врачей в клинической ординатуре (по специальностям «психиатрия», «психотерапия», «сексология») и аспирантуре (по специальностям «психиатрия» и «медицинская психология»), а также осуществляется программа дополнительного образования врачей по трем направлениям: